L’histoire se déroule en 2027, un an après la fin de la Quatrième Guerre mondiale (non nucléaire). Dans un Japon toujours en tension, un virus informatique appelé Fire-Starter commence à se propager, capable d’infecter les « ghosts » (l’âme ou la conscience) des cyborgs. Lorsque le Premier ministre du Japon est assassiné lors d’un attentat lié à ce virus, la Section 9, unité antiterroriste dirigée par le Major Motoko Kusanagi, est chargée de mener l’enquête. Ce cas les mène vers une vaste conspiration impliquant des cybercriminels, des enjeux politiques et des questions sur l’identité dans un monde de plus en plus cybernétisé.

Musique : Keigo Oyamada, mieux connu sous le nom de Cornelius.